ینکلن باروز» (دومینیک پرسل) پس از زدوبندهای سیاسی گروه تجاری مافیایی به نام «شرکت (The Company)» به ناحق به قتل برادر معاون رئیسجمهور «ترنس استیدمن» متهم میشود و به زندان میافتد. برادر او «مایکل اسکافیلد» (ونتورث میلر) که مهندس سازهای نابغه است با ارتکاب جرمی خود را عمدا به همان زندان میفرستد تا بتواند برادرش را از زندان فراری دهد.